Biokemija od vode do membranskih proteinov

VODA:70-80% celične mase.Je topilo,reaktant,uravnava TT, konc. H ionov in pH,je sestavina.(krvi,CSF,sline,urina,solz),je reducent in produkt oksiredukcijskih reakcij.

VODA-TOPILO :dobro topne raztopine so POLARNE(alkoholi,estri,amini,amidi).

Spojine so HIDROFILNE-ustvarjajo H vezi med polarnimi skupinami in vodo.
:slabo topne-NEPOLARNE(benzen).V vodi niso topne,hidrofobne.
:AMFIFILNE spojine-polarne in nepolarne.
INTERAKCIJA VODE:

sp. Se raztapljajo zaradi: dipol-dipol interakcij(H+ privlačijo O¬¬-)
: ion –dipol inter.(anion- + O-
: karbonilne sk. Ketonov –
pH: je negativen desetniški logaritem.

Z njim vrednotimo obseg ionizacije,izmerimo ga lahko vsem vodnim raztopinam,odvisen je od prisotnosti kislin in baz, lestvica pH:0-6= kislo ;6-8= nevtralno ;8-14= bazično.(primer: norm. urin pH =4,4 – 8 ;želodčni sok 2,3 – 3,8 ;kri 7,36 – 7,42 …)
KISLINE: snovi, ki vodni raztopini oddajajo proton.(HA) BAZA: proton sprejema( A- )
Kislina vedno razpade na H+ in A -.(primer : CH 3 COOH + H2O = CH3COO- + H+
PUFRI : so raztopine, ki jih sestavlja šibka kislina(HA) in šibka, konjugirana baza(A-). HA daje protone , če pH narašča, oz.A- odstranjuje protone, če pH pada. Za oceno puferskih sistemov se uporablja HHE enačba.

Pufri zmanjšujejo spreminjanje pH v dodatku HA ali A- oz. vzdržujejo stalen pH (primer : H2 CO3(HA)=HCO 3- (A-) ).

Puferski sistemi :

– BIKARBONATNI –tvorita ga CO 2 in HCO 3-
– HEMOGLOBINSKI-najpomembnejši nebikarbonatni pufer,za njegovo pufersko sposobnost je odgovorna AK(aminokislina)-histidin (pKa Hb =6,0)
– PROTEINSKI –plazemski proteini.Najvišjo konc.imajo albumini.
– FOSFATNI-najpomembnejši znotraj celični pufer,sestavlja ga fosforna kislina (H3 PO4) in konjugirane baze (H2PO 4-, HPO 42- ,PO 43-).
ACIDOZA:pojavi se zaradi motenj v presnovi in dihanju.(respiratorna in metabolna).Vodi do ketoze.
KETOZA:pojav ketonskih teles v krvi (betahidroksibiturat,acetoacetat,aceton).,izloča se z urinom.
ALKALOZA:resp. ali matab. sindrom.Lahko je posledica Na-laktata,Bikarbonata,bruhanja.Hiperventilacija.
AMINOKISLINE: Org.molekule s karboksilno (COOH) in amino (NH2) skupino.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=ha-DNTOooXk[/youtube]

aminokisline.gif

Z amino vezjo se povezujejo v peptide,več peptidov pa tvori proteine.

Imajo 2 polarni grupi (COO- in NH3+),svetlobo sučejo L in D,imajo stransko verigo (R),ki določa velikost,polarnost,naboj,kem.reaktivnost.

So nepolarne in polarne.(nabite,nenabite):

NEPOLARNE: hidrofobne,imajo alifatske in aromatske stranske verige in so 3D(trodimenz.)
POLARNE-NENABITE:

hidrofilne,,imajo N,O,S,so stabilizatorji 3D
POLARNE-NABITE :

hidrofilne,v strukturi imajo skupine s kislimi in bazičnimi lastnostmi,imajo tri prevojne točke.

Ločujemo jih s:

– kromatografijo,

– ninhidrinsko metodo,

– fluorescenčno metodo.

Med esencialne aminokisline štejemo:
– triptofan
– fenil-alanin
– lizin
– treonin
– valin
– metionin
– leucin
– izoleucin
– arginin


Med neesencialne aminokisline štejemo:

– glicin
– alanin
– serin
– norleucin
– asparagin
– glutamin
– hidroksi-glutamin
– prolin
– hidroksi-prolin
– citrulin
– tirozin
– cistin histidin

PEPTIDI: povezane AK.:Dipeptid = 2AK, tripeptid =3 AK,dekapeptid 10 AK,polipeptid 10-100 AK

peptid.png


PROTEINI:
Več kot 100 AK,nastanejo s kondenzacijo (povezovanje AK v višje strukture).sinteza proteinov poteka v kromosomih-AK se aktivira s pomočjo ATP-inf. je zapisana v zaporedju nukleotidov DNA.

DELITEV: encimi
– strukturni (npr.kolagen)
– transportni in skladiščni (albumini)
– regulatorni in gibalni

Zgrajeni so v monomere,oligomere in proteine z več podenotami.

Lahko so :

–enostavni (samo AK,npr.Tripsin)
-konjugirani (AK + prostetična grupa,npr. Hemoglobin=hem+globin).


Po obliki so lahko :

– fibrilarni-nepolarni,za trdnost
– globularni-polarni,transportni (npr.encimi , imunoglobulin)
STRUKTURE PROTEINOV:

a)primarna / linearna (Določena z AK-ostanki v proteinu)

b)sekundarna(vertikala, horizontala,zanka)

c)terciarna (povezana vertikalna in horizontalna)

d) kvartarna (povezovanje polipeptidnih verig) AK.zaporedje nam pove o uvrščanju proteinov,o evolucijskem razvoju in biološki vlogi proteinov.

strukturaproteina.JPG

Ima združene 2 ali več podenot.(npr.Hb ima 2 vertikalni in 2 horizont. podenoti.

Vsaka podenota ima hem z Fe in vsak hem se veže s kisikom : Hb+O2=Hb(O2)….Hb(O2)+O2=Hb(O2)2…..Hb(O2)2+O2=Hb(O2)3….)
Strukture stabilizirajo H in WW vezi.(med AK-ostanki in AK-ostanki in vodo).


MEMBRANSKI PROTEINI :
omogočajo komunikacijo med celicami.Delimo jih na periferne in integralne(ti regulirajo pretok / difuzijo) preko c.

Membrane in sodelujejo pri transportu-aktivni in pasivni.

strukturaplazme.jpg

Dodaj odgovor

Vaš e-naslov ne bo objavljen. * označuje zahtevana polja